La chiesa di Santa Maria di Navarra viene datata al XI secolo ed è il più antico monumento architettonico di Baunei.
La povertà delle fonti è un grave ostacolo alla datazione certa ma i segni materiali della cultura iberica presenti nella chiesa altomedievale di Santa Maria Navarrese sono inequivocabili.
Nel 1959-60 vennero condotti dei lavori di restauro che portarono alla luce molteplici informazioni sull'architettura originaria della chiesa.
La prospezione dello scavo ha rivelato che la chiesa originaria, lunga appena 12 metri, aveva una piccola abside semicircolare, con raggio di 1,43 metri.
Erano presenti l'altare maggiore due altarini laterali, nonché due bancate di pietra a forma di L ai lati dell'altare utilizzati dal clero e dalle massime autorità del giudicato di Ogliastra il giorno dell'Assunta, il 15 agosto, perché rappresentava il cuore della chiesa.
La chiesa originaria aveva una pianta a tre navate divise fra loro da quattro arcate sostenute da pilastri di forma abbastanza rara in Italia: trattasi di archi a fungo, a ferro di cavallo, tecnicamente chiamati "oltrepassati ", archi preromanici diversi dai due archi chiaramente romanici della parte anteriore della chiesa costruiti nei secoli successivi al XI per il suo ampliamento.
La rarità di tali archi a fungo della chiesa originaria, sopravvissuti per un millennio e giunti sino a noi, ha creato un piccolo mistero sulla loro origine e significato culturale, storico e simbolico, ed un dibattito i cui contributi hanno sciolto l'enigma riportando la loro origine alla cultura religiosa visigota e mozaraba dei secoli VII-VIII-IX.
L'altare maggiore era stato costruito in muratura di pietra intonacata e al suo interno conteneva il reliquiario d'argento niellato probabilmente dono della fondatrice della chiesa. Il reliquiario d'argento niellato mozarabo è un'altra prova della presenza della cultura nord iberica nella chiesa di Santa Maria Navarrese.
Il prezioso oggetto a forma di cuore delle dimensioni di cm 4x4, cavo e dorato internamente, era racchiuso nell'altare della chiesa dentro un'urna di pietra sigillata con cera vergine e mantiene ancora oggi il mistero dell'identità del santo al quale appartenevano le reliquie.
Il cuore è custodito dal vescovo d'Ogliastra nel museo della diocesi a Lanusei.
Il tetto della chiesa era a capriate con il cannicciato che sosteneva la copertura in tegole sarde.
Sempre nel restauro del 1959 vennero demolite le cumbessias locali adiacenti la chiesa che ospitavano i fedeli durante i giorni della festa e servivano agli "obrieri" come deposito di attrezzi e di sementi.
Inoltre erano per i naviganti che approdavano per sbarcare ed imbarcare merci, dal Seicento alla fine dell'Ottocento, un prezioso punto di appoggio e di sosta per immagazzinare e depositare le merci per gli scambi.
Con questa demolizione si cancellò uno dei legami secolari della chiesa con la sua festa e con la civiltà agropastorale di Baunei di cui la festa era espressione e sintesi il 15 agosto, il giorno dell'Assunta, momento di conclusione felice dell'annata agraria prima del mese di settembre chiamato non a caso mese de cabudanni (mese di inizio dell'anno).
Nel 1955-56 venne costruito il muro di sostegno della chiesa; quest'opera ebbe come conseguenza negativa l'effetto di spezzare l'unità dello spazio agricolo unitario che circondava la chiesa segnando una frattura fra la medesima e gli olivastri sottostanti; nelle operazioni di scavo venne riportato alla luce l'enorme masso a coppelle del neolitico che testimoniò il fatto che la chiesa cristiana venne edificata su un più antico luogo di culto, prova certa di sincretismo religioso.
Nel 2013 si è concluso l'ultimo restauro.
