Posta ai margini occidentali della Pianura pontina, era in età romana l'ultima stazione prima del Decennovium pontino ed era attraversata dalla via Appia romana, che seguiva il tracciato rinvenibile in Via Bufolareccia, dove si possono osservare i resti di un monumento funebre romano.
Le origini di Cisterna vengono individuate nell'insediamento di Tres Tabernae, al km. 58 dell'Appia dove, come avvenuto già prima a Forum Appii, San Paolo incontrò i primi cristiani provenienti da Roma nel corso del suo viaggio verso la Capitale (61 d.C.).
Il territorio di Cisterna era molto vasto, occupando parte del territorio a sud di Aprilia, fino al mare e a Fogliano, e ciò rende plausibile anche l'ipotesi che la vita della nuova città possa ricollegarsi anche alle domuscultae di San Pietro in Formis e di Ninfa.
Nel 1159 Cisterna dette ospitalità al futuro papa Alessandro III, intronizzato nella vicina Ninfa, ospitalità che pagò con la distruzione ad opera del Barbarossa.
Gli edifici di significato, a parte il vecchio Municipio, semidistrutto dalla guerra e riedificato secondo linee alquanto diverse dalle originali, sono pochi ma tra questi vanno ricordati la Chiesa dell'Assunta, che conserva una statua marmorea del protettore San Rocco, e Palazzo Caetani, anch'essi ricostruiti completamente o notevolmente rimaneggiati dopo gli eventi bellici.
Palazzo Caetani, costruito nel 1560 sulla rocca Frangipane, ospita al primo piano la Sala degli Zuccari, affrescata da famosi pittori e, al secondo, una serie di sale adibite a mostre permanenti o temporanee.
Dal chiostro dell'edificio una scalinata conduce ad un primo ambiente, forse anticamente usato come cantina, da cui si giunge ad un ampio corridoio centrale dal quale si diramano una serie di profonde e lunghe gallerie che corrono sotto il palazzo fino ad una profondità di circa 15 metri, luogo della memoria per i Cisternesi, che qui si rifugiarono tra gennaio e marzo 1944 per sfuggire ai bombardamenti alleati.
I giardini pubblici ospitano la monumentale fontana Biondi, opera di Ernesto Biondi, che si vuole rappresenti la dea Feronia che trionfa sulla malaria.
A circa 3 km. a nord, lungo la Via Appia, si trova Le Castella sito di un antichissimo insediamento romano e forse italico, dove sono stati rinvenuti muri, pozzi interrati, cunicoli, monete, frammenti statuari, oggetti di uso domestico.
Durante la bonifica degli anni Trenta nel territorio di Cisterna nacquero due borghi: Doganella di Ninfa, di cui si conservano i principali edifici d'epoca, e Borgo Flora.
Appartengono al territorio di Cisterna i monumenti naturali di Torrecchia Vecchia (in parte anche comune di Cori) e di Ninfa.
Torrecchia, già appartenuta alla fine del XIII secolo alla famiglia Caetani, si estende per circa 600 ettari, il 60 per cento dei quali coperti da foresta; l'area, dichiarata monumento naturale nel 2007, è arrivata ai nostri giorni intatta, e conserva importanti elementi vegetazionali e faunistici in un contesto paesaggistico di grande valore.