Il convento dei cappuccini di Offida con l'annessa chiesa, dove visse fra Bernardo per lunghi anni, restò in piedi dal 1614, anno di fondazione, fino al 1893, quando i frati, in vista dell'imminente bicentenario della morte del beato, decisero di ricostruirne un altro più moderno, con chiesa più ampia e decorosa in suo onore.
Ricostruirono i due edifici sullo stesso terreno conventuale su disegno dell'architetto cappuccino fra Angelo da Cassano d'Adda.
Fra Angelo appena giunto in Offida, nella primavera del 1893, dopo un attento studio del sito, risultato con una configurazione a carattere stratigrafico e argilloso, quindi terreno difficile e ad alto rischio relativamente al settore edilizio, prese la sua decisione coraggiosa: nonostante tutto, decise di non mutare il "sito" della costruzione ma di spostare solo di poche decine di metri, verso sud – ovest, la sede del nuovo complesso conventuale.
Nel nuovo Santuario, a tre navate, ampio e luminoso, è stata prevista una cappella in onore del beato, destinato alla custodia delle sue spoglie mortali.
In un primo tempo nella nuova chiesa, la cappella del beato era ornata da un altare di stile composito poi abbattuto per far posto all'attuale complesso architettonico.
L'altare era ornato da quattro colonne tortili, in legno scuro, due per lato, con una trabeazione classicheggiante, a più moduli.
Nel centro si apriva la nicchia con la statua del beato, reggente il giglio sulla destra ed il teschio sulla sinistra, mentre un angioletto, sulla sua sinistra, mostrava una scritta.
È probabile che l'altare fosse stato composto con elementi architettonici della vecchia cappella del beato, costruita nel 1792, se non si trattava addirittura dello stesso antico altare, sistemato nella nuova sede.
L'attuale cappella sorge nel terzo vano laterale sinistro, ampliato in profondità, il quale, con un andito dirimpetto, delle stesse dimensioni, ora occupato dall'organo, conferisce alla chiesa la forma di croce latina, a tre navate.
Il baldacchino è costituito da quattro colonne con basi verticalmente sviluppate e sobriamente decorate, con fusti lisci e con capitelli corinzi, ed è abbellito con decorazioni nell'architrave e nella volta, dovute sicuramente al Girolomini, come suoi sono i due vasi ai lati e la guglia terminante con una croce nel centro.
In una fascia si legge: MANUM SUAM APERUIT INOPI (aprì la sua mano al bisognoso), con esplicita allusione alla bontà e generosità del beato verso i poveri.
In vista del terzo centenario della morte del beato (1994) il 14 ottobre 1992 sono iniziati i lavori di restauro delle decorazioni pittoriche, del tetto della chiesa.
Dopo il natale del 1992 si è dato inizio ala ristrutturazione del coro e del presbiterio.
Un nuovo altare ligneo è stato sistemato nel presbiterio.
I due nuovi amboni sono opera ammirevole dell'ebanista cappuccino padre G. Trombetta da Cingoli.
L'indovinata illuminazione esalta la vivida cromia delle tele dipinte a spatola, opere di un artista che nutre e anima le sue figurazioni di fulgida luce diurna.
In questa occasione è stata eretta una statua commemorativa del Beato Bernardo collocata all'inizio del viale d'accesso al santuario realizzata dal famoso scultore locale Aldo Sergiacomi.