La cripta di San Giovanni in Conca è un monumento situato in piazza Missori a Milano.
Si tratta dei resti dell'antica basilica di San Giovanni in Conca (nome originario paleocristiano basilica evangeliorum), della quale rimangono oggi solo poche tracce risalenti al XI secolo, vale a dire parte dell'abside e l'intera cripta, da cui il nome dei moderni resti.
Dal 1879 al 1951 (anno della demolizione) fu sede della Chiesa Evangelica Valdese di Milano.
Al centro di piazza Missori sorge quello che rimane dell'antica basilica paleocristiana di San Giovanni in Conca, illustre testimonianza di storia e arte milanese dal V-VI secolo al XVII secolo.
Dentro le mura romane della città sorgeva una basilica paleocristiana o, secondo alcuni, altomedievale dedicata a San Giovanni Evangelista, detta “in Conca” forse per l'avvallamento del terreno circostante.
Misurava 53x7 metri con pianta ad aula unica e abside semicircolare, le cui fondazioni sono ancora visibili.
Con le stesse proporzioni venne ricostruita nel XI secolo e di nuovo, dopo le distruzioni dell'imperatore Federico Barbarossa nel 1162, nel XIII secolo.
In questa fase la basilica, affiancata da un campanile di 24 metri e internamente divisa in tre navate, aveva un transetto e un tiburio centrale.
Sulla facciata, una nicchia ospitava il busto di San Giovanni Evangelista, rappresentato nel calderone di olio in cui, secondo la tradizione, lo avrebbe fatto immergere l'imperatore Domiziano, senza che il Santo ne soffrisse.
Piacque ai Visconti l'eleganza della chiesa a tal punto che, nel XIV secolo, la inglobarono nel recinto della loro signorile dimora, la cosiddetta “Ca' di can”, facendone la propria cappella gentilizia.
Qui, tra le pareti sontuosamente affrescate, trovarono sepoltura nel 1384 Regina Beatrice della Scala e l'anno dopo il marito, Bernabò Visconti, avvelenato a Trezzo d'Adda dal nipote Gian Galeazzo.
Nel 1531 Francesco II Sforza donò la basilica all'ordine dei carmelitani, che vi costruirono accanto il monastero, alzarono il campanile e fecero decorare l'interno e la facciata in stile barocco.
Il campanile, peraltro, fu utilizzato nel XIX secolo come osservatorio astronomico.
Nel 1782 venne soppresso l'ordine carmelitano che occupava la chiesa dal 1531.
Nel 1787 al San Giovanni venne tolta la parrocchialità e la chiesa venne chiusa definitivamente nel 1808.
Nel 1877 il Comune decise di far passare la nuova via Carlo Alberto, oggi via Mazzini, nell'area occupata dalla chiesa.
Nel 1879 la Comunità Valdese, autorizzata da una delibera del Consiglio Comunale, acquistava l'antica basilica e la ristrutturava facendola diventare il proprio luogo di culto.
Il progetto fu realizzato dall'architetto Angelo Colla che modificò la facciata in stile neogotico e la applicò obliquamente al corpo della chiesa, che venne drasticamente accorciata.
Il nuovo tempio valdese fu inaugurato l'8 maggio 1881, mentre il campanile fu demolito nel 1885.
Nel secondo dopoguerra presunte "esigenze imprescindibili di viabilità" condannarono definitivamente l'edificio, che fu demolito tra il 1948 e il 1952, per realizzare l'asse viario di via Albricci-piazza Missori.
Dell'antica basilica furono salvati e restaurati solo una parte dell'abside e della cripta, mentre la facciata fu ricostruita e applicata al nuovo tempio valdese in via Francesco Sforza.
A testimonianza di ciò, la corta via a fondo cieco sul fianco destro del tempio prese successivamente il nome di via San Giovanni in Conca.
Dell'antica basilica rimangono oggi solo la cripta, unico esempio di cripta romanica originale esistente a Milano assieme alla cripta di San Vincenzo in Prato, e l'abside, nella quale si nota la monofora con strombatura, arco a tutto sesto e due capitelli con volute a graffito ed il coronamento esterno degli archetti svuotati: si tratta di elementi tipici del romanico milanese, presenti anche nella Basilica di Sant'Ambrogio e in quella di San Nazaro in Brolo.
