Le occupazioni spagnole, francesi e austriache e le varie guerre fecero sì che nel corso degli anni il palazzo venisse utilizzato come caserma e i giardini come accampamenti per le truppe depauperando le sale e distruggendo alcune sculture (sulle pareti della “Sala dei Giganti” rimangono tutt'oggi visibili i graffiti e le incisioni con nomi e date di un passato poco glorioso per il monumento).
La proprietà della villa dalla famiglia Gonzaga passa, tranne il breve periodo della dominazione napoleonica, al governo austriaco sino al 1866 quando viene acquisita dallo Stato Italiano.
Nel 1876 l'edificio diviene proprietà del Comune di Mantova.
Dopo parecchi restauri il palazzo restituisce oggi, con le sue sale e i giardini, un'incantevole tuffo nella creatività di Giulio Romano e nell'importanza della corte dei Gonzaga.
Grazie al riassestamento dell'orangerie, dove venivano coltivati arance e limoni, è stato creato un vasto ambiente adibito a luogo di esposizioni temporanee.
Ma ulteriore scopo dell'impegno delle istituzioni cittadine era di ricavare in Palazzo Te un museo affinché fossero ospitate almeno una parte delle collezioni civiche.
Lo spazio espositivo permanente fu ricavato nelle sale al piano superiore.
Quattro sono le collezioni esposte:
- Sezione Gonzaghesca
La sezione è costituita da materiali legati prevalentemente alla storia mantovana di età gonzaghesca (1328-1707): una Collezione Numismatica costituita da 595 monete prodotte dalla Zecca di Mantova, una collezione di coni e punzoni, l'antica serie di pesi e misure dello Stato di Mantova e una raccolta di 62 medaglie dei Gonzaga e di illustri personaggi mantovani. - Donazione "Arnoldo Mondadori"
La sezione è costituita da diciannove dipinti di Federico Zandomeneghi (1841-1917) e da tredici di Armando Spadini (1883-1925), raccolti da Arnoldo Mondadori e donati nel 1974 dagli eredi dell'editore di origine mantovana.
Sono ben nove i dipinti della collezione prestati per la grande mostra L'impressionismo di Zandomeneghi, ideata al decorrere del centenario della morte del pittore veneziano.
Le nove opere esposte a Padova in Palazzo Zabarella sono:
- La cuisinière (La cuoca), 1881, olio su tela;
- Corsage bleu (Il giubbetto blu), 1884,
- pastello su carta incollata su cartoncino;
- Femme au bar (Al caffè), 1884, olio su tela;
- Femme qui s'étire (Il risveglio), 1895, pastello su carta;
- L'attente (L'attesa), 1896-1898, pastello su carta applicata su cartoncino;
- Rêverie (Fantasticheria), 1893 - 1900, olio su tela;
- Fanciulla con fiori gialli, 1900 - 1905, pastello su carta incollata su cartoncino;
- La fête (Bambina con il mazzo di fiori), 1894, olio su tela;
- Nature morte: pommes (Natura morta con mele), 1917, olio su tela. - Raccolta Egizia "Giuseppe Acerbi"
Giuseppe Acerbi (1773-1846), Console Generale d'Austria in Egitto, partecipò nel 1829 ad alcune fasi della celebre spedizione archeologica condotta da Jean François Champollion.
Costituì un'importante raccolta di materiali archeologici, 500 pezzi che nel 1840 donò alla città di Mantova.
Ora la sua collezione è interamente esposta in Palazzo Te. - Collezione Mesopotamica "Ugo Sissa"
La collezione costituita da Ugo Sissa, architetto e pittore mantovano (1913-1980), capo architetto a Bagdad tra il 1953 e il 1958, consta di circa 250 pezzi d'arte mesopotamica databili tra la fine del VI millennio a.C. e la fine del I millennio d.C.
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