Il giardino, della grandezza di otto ettari, è un giardino all'inglese che ospita al suo interno oltre un migliaio di piante ed è attraversato da numerosi ruscelli d'irrigazioni oltre che dal fiume Ninfa: il fiume prende origine dall'omonimo laghetto di natura risorgiva e scorreva, fino alla bonifica integrale, per oltre 40 chilometri nell'agro pontino nel primo tratto col nome Ninfa e poi col nome Sisto, fino a sfociare tra Terracina ed il Circeo; a partire dagli anni '30 le acque risorgive sono state tuttavia deviate, poco a sud del giardino, nel corso del Collettore delle Acque Medie, separandole quindi dal corso del Ninfa/Sisto.
Nelle acque dell'alto corso del Ninfa vive la Trota macrostigma, localmente conosciuta anche con il nome di Trota di Ninfa.
Nei pressi della chiesa di San Giovanni è possibile osservare un noce americano, diversi meli ornamentali, un acero giapponese a foglia rosa, un faggio rosso, un acero a foglie bianche e un pino a foglie di color argento.
Alla spalle della chiesa di Santa Maria Maggiore una bignonia gialla, un gruppo di yucca e diversi roseti, mentre presso la facciata principale si trova un cotinus coggygria, chiamato anche albero della nebbia, con delle infiorescenze a piumino rosa, simili a zucchero filato ed un cedro sul cui tronco è poggiata una tillandsia, pianta senza radici che ricava il nutrimento dall'umidità dell'aria.
Lungo il viale dei cipressi delle erythrina crista-galli, fiori di colore scarlatto simili ad uccelli tropicali, mentre lungo il viale delle lavande dei ciliegi penduli, un pino dell'Himalaya, dei banani, un pino messicano ed un'acacia sudamericana.
Nella zona dedicata al giardino roccioso si trovano iberis, eschscholzia, veronica, alyssum, aquilegia, dianthus e melograni nani.
Vicino al ponte del macello si trovano clematis armandii a fiori viola, ortensie rampicanti, aceri, un pioppo; proseguendo lungo il fiume si incontra un boschetto di noccioli, un acer saccharinum e un liriodendron tulipifera, chiamato anche albero dei tulipano.
Nei pressi del ponte romano una photinia serrulata, gelsomini, glicini e prima di arrivare al ponte di legno un gruppo di bambù provenienti dalla Cina.
Al ponte di legno è posta una gunnera manicata, tipica degli ambienti fluviali brasiliani, dei papiri, un cedro ed una casuarina tenuissima, proveniente dall'Australia.
Sul municipio una lonicera involucrata, mentre davanti al castello una magnolia stellata.
A partire dal 1976, su un'area di circa 1.800 ettari intorno al giardino, è nata un'oasi del WWF che mira alla protezione della fauna nel comprensorio di Ninfa: è stato realizzato un impianto boschivo ed un sistema di aree umide per agevolare la sosta e la nidificazione dell'avifauna ed allo stesso tempo si è cercato di ricreare, su un'area di quindici ettari, la vegetazione tipica della zona, ossia quella prettamente paludosa, già esistente fino agli anni trenta, prima che la zona pontina venisse del tutto bonificata.
L'area si trova sulla traiettoria di una delle principali rotte migratorie percorse da uccelli che, provenienti dai paesi africani, si trasferiscono in varie aree dell'Europa.
Dopo la creazione dell'oasi, nella zona si sono registrati arrivi di alzavole, germani reali, canapiglie, aironi, pavoncelle e alcune specie di rapaci.
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