Il monte San Francesco è stato non solo un importante avamposto romano prima e successivamente un luogo di sepoltura e di culto per i Longobardi, infatti già in alcuni documenti attorno al Mille il posto sopra Velate viene individuato come in pertica, perché i luoghi di sepoltura dei guerrieri longobardi erano segnalati con lunghe pertiche, sulle quali si issavano colombe di terracotta per indicare l'origine di provenienza del morto, ma dai primi decenni del 1200 era probabilmente il luogo in cui, essendo ancora vivo il Santo fondatore dell'ordine, si sono insediati a Varese i primi seguaci di San Francesco.
È con il nome infatti di Chiesa di San Francesco in Pertica sopra Velate che successivamente si individua il luogo e questo è provato in numerosi documenti, i più significativi dei quali sono depositati all'Archivio diocesano e alla Biblioteca Ambrosiana di Milano.
Atti di rogiti notarili medievali e successivamente visitazioni pastorali, le più famose delle quali risalgono all'epoca del grande santo Carlo Borromeo, il riformatore della Chiesa ambrosiana vissuto nel Cinquecento.
Significative, e anche molto suggestive, alcune lettere di corrispondenza tra personaggi i cui nomi figurano indicati nelle vie di Varese (Griffi, Orrigoni) e l'Arcivescovo di Milano, in cui i francescani del Monte sopra Velate sono esplicitamente citati in ordine ad un oscuro fatto di sangue avvenuto all'epoca.
Da questi fatti prende spunto la ricerca storica di Andrea Ganugi Monte San Francesco sopra Velate: la cancellazione repentina di una storia millenaria, Macchione Editore 2009
L'area archeologica di San Francesco in Pertica comprende l'intera sommità del monte a 850 m di altitudine sopra Velate e in perfetta corrispondenza visiva con il borgo di Santa Maria del Monte, raggiungibile da Velate per un sentiero (l'antica via dei pellegrini al Sacro Monte) che si snoda lungo la montagna per circa 2-3 km partendo dalla zona dell'acquedotto.
In alternativa è raggiungibile, sulla strada per l'osservatorio del Campo dei Fiori, dopo circa 1 km dal bivio per il Sacro Monte scendendo per poche centinaia di metri sul medesimo sentiero che porta a Velate.
Il sentiero divide in due un'area di circa 4-5 ettari.
La parte che guarda ad Oriente, verso il Sacro Monte e Como, può essere definito il Campo delle pertiche, ovvero la zona dove è collocabile il cimitero longobardo.
L'area più vasta è ad Occidente, verso i laghi: è quella del presidio militare romano primitivo, con il basamento ancora visibile della torre di avvistamento risalente all'epoca del tardo impero romano (III-IV sec. d.C.), sul quale si innesta il successivo insediamento francescano, con la chiesa e il convento.
Testo a cura di:
Andrea Ganugi