Le origini di Brancaleone Superiore, risalgono presumibilmente al VI-VII secolo, con la presenza dei monaci che vivevano in chiese-grotte, ancora visibili.
Infatti, assieme ai trasferimenti dei condottieri e combattenti di ventura che venivano dall'Oriente, si accompagnavano preti e monaci greci, appartenenti all'ordine dei Basiliani.
L'arrivo dei monaci nella Bovesia o nel comprensorio dell'antica diocesi della città di Bova, di cui fa parte la terra di Brancaleone, è stato di notevole importanza, in quanto, probabilmente alcuni centri urbani sono sorti per la loro presenza e per le opere di beneficenza che prestavano.
Secondo il Natoli cronista e storico attendibile, l'attività economica e culturale dei monaci basiliani contribuì, in modo profondo, ad arricchire la civiltà locale di nuovi elementi culturali, provenienti dal mondo greco-orientale.
Ne derivarono forme nuove di civiltà nei costumi, nei riti religiosi, nella lingua, di straordinaria originalità.
Favorito dalla "grecanicita'" locale, il monachesimo ebbe un notevole sviluppo; molti furono conventi e chiese da loro costruiti, e i loro resti costituiscono un patrimonio di notevole valore storico e artistico.
I monaci basiliani, molti dei quali erano dotati di straordinario spirito d'iniziativa, vivevano una vita di penitenza e di preghiera, ma anche si dedicavano ai lavori manuali, all'apicoltura al lavoro nei campi, sempre disponibili a dare aiuto materiale e morale alle popolazioni locali, che si avvicinavano a loro con grande fiducia, fino a formare in vicinanza dei monasteri veri e propri agglomerati urbani.
Nei pressi dell'antica chiesa, adiacente all'antica piazza, sopravvive una chiesa rupestre, ricavata nel tufo, con al centro una colonna, pur'essa scolpita nella roccia, che rappresenta l'albero della vita.
Accanto all'ingresso, resiste un altare, dotato di una croce, davanti a cui è in ossequio un pavone, adorante, tipico della simbologia orientale e specificatamente della cultura armena.
Nella parte occidentale della cintura rocciosa che orla il borgo deserto, si apre un'altra grotta e sopra l'ingresso è graffita un'altra croce d'ispirazione armena.
A Brancaleone altre grotte, sono presenti anche distanti dal centro abitato. Una tra le più interessanti è ubicata sempre a nord nella parte bassa della formazione rocciosa nei pressi della pista per i piani di Campolico.
Questa grotta presenta tre croci graffite, delle quali una di stile diverso.
In origine, il paese era probabilmente denominato Sperlonga (dal latino spelunca = grotta) per la presenza di monaci bizantini che popolarono le grotte dette appunto di Sperlonga intorno al XII secolo e che ancora oggi offrono testimonianze della presenza bizantina.
Solo intorno al 1200 veniva dato il nome di Brancaleone.
Il centro sviluppatosi su una collina a 310m s.l.m. fu munito di castello fortificato, presumibilmente intorno all'anno 1300, per la difesa contro le incursioni dei Saraceni.
Un originale castello medievale, non lontano da reperti archeologici sia della Magna Grecia e sia dell'epoca Romana.
Accessibile solo da un lato fu, probabilmente, costruito dai Ruffo.
L'accesso al castello era ubicato nel lato settentrionale e avveniva per mezzo di un ponte posto in adiacenza alla casa della famiglia Musitano che affaccia sulla piazza principale del paese: Piazza Vittorio Emanuele che, per questo motivo, era anche detta "Piazza del Ponte".
Qui, nel sottosuolo si trova una grotta che era la vecchia prigione del Castello.
Nel 1489 questo castello risulta inserito in quell'elenco che Alfonso D'Aragona riteneva di dover ampliare e risistemare per potenziare le difese del Regno.
Nel XIV secolo Brancaleone fu feudo della famiglia Ruffo, e poi passo alla famiglia D'Aragona De Ayerbe, per essere venduto in fine alla famiglia degli Stayti, in onore dei quali fu intitolato l'altro centro vicino, Staiti appunto, che fu casale di Brancaleone (casale = centro che dipendeva da un altro centro vicino più importante).
Dal 1674 fino al 1806 (anno in cui fu abolita la feudalità) fu sotto il dominio della famiglia Caraffa di Roccella.
Brancaleone Superiore fu lievemente danneggiata dal catastrofico terremoto del 1783, e subbi danni per il terremoto del 1908, e quindi varie volte fu ricostruito, ma il suo destino fu definitivo solo agli inizi del Novecento, dovuto al fenomeno comune a tutti i centri interni della Calabria, quello dell'abbandono delle campagne e delle zone collinari per carenze di infrastrutture e di collegamenti adeguati al processo socio economico della società.
